御幣山北東側の第２・５次調査では、関東ローム層（赤土）の中から石器集中ブロックや、蒸し焼き料理などに使われた礫群が発見されました。今回の調査でも、これまでに石器集中ブロック２カ所と礫群１カ所、石器類 40 点以上が発見されました。藤沢市内からはこれまでに 50 カ所以上の旧石器時代遺跡が確認されており、御幣山遺跡は市域の南東端に位置する遺跡です。

縄文時代の遺構・遺物は、御幣山東側と北側の第１・２次調査地点から発見されています。表裏縄文土器と呼ばれる内面にも文様のある特徴的なもので、今回の第９次調査でも、表裏縄文土器の小破片約 90 点が発見され、そのほか石器類約 20 点、礫約 900 点が出土し、性格不明の落ち込み 73 基（小さな柱穴のようなもの 71 基、やや大きな土坑状のもの２基）が発見されました。

弥生時代後期（約 1800 年前）～古墳時代前期（約 1600 年前）になると、竪穴住居址や掘立柱建物址、方形周溝墓などが第１・３～８次調査で発見されました。この時代の御幣山には、東側と西側にそれぞれ集落・墓域が形成されていたらしいことが分かります。第６次調査では竪穴住居址から銅鏃１点が発見されています。

戦国時代になると村岡郷にも小田原北条氏により城郭が築かれます。小田原北条氏の東相模の拠点は玉縄城 ( 鎌倉市城廻一帯 ) ですが、西側の備えとして御幣山には「御幣山砦」が築かれます。御幣山砦は記録によると、永禄 12 年 (1569) の武田信玄による小田原攻めの際と、天正 18 年 (1590) の豊臣秀吉による小田原攻めの際に２回落城しています。城主である大谷公嘉 (おおたに きんよし) は永禄 12年の時は小田原城に籠城しており、御幣山砦に在城していませんでした。そして天正 18 年、大谷公嘉は御幣山砦に籠城することなく、上野国西牧城 (群馬県下仁田町) の守備を任され、そこで討ち死にします。御幣山砦は小田原落城後、使用されることなく廃城したと考えられています。
　今回の調査では、土坑１基、溝状遺構４条、陶磁器小破片数点が発見されました。現在調査中のⅡ区４号溝状遺構からは、馬と考えられる歯の破片と陶器破片が出土しました。第６～７次調査では、４号溝状遺構とつながる可能性のある溝状遺構が発見されており、今回の調査によってこの溝状遺構の長さは約 280ｍ以上あったらしいことが分かりました。また、御幣山東側の第４・７次調査では、室町～戦国時代頃の掘立柱建物址が発見されています。

　江戸時代初期に東海道が整備され、江の島道や大山道が交わる藤沢宿は大いに繁栄します。その頃、御幣山は幕府直轄の「御林 (おはやし)」となったことが記録に書かれていますが、詳細はわかっていません。
　第４次・６次調査では、江戸時代の掘立柱建物址や溝状遺構が発見されています。